《聖學格物通》一百卷，是湛若水根據明世宗詔令文臣直解經史以進御覽之旨精心撰著的帝學用書，也是本精神和體例上都沿襲了宋真德秀《大學衍義》和明丘濬《大學衍義補》傳統的儒家子書，但卻沒有產生過類似或近於真丘二書的影響。本文列舉此書歷來不受重視的事實，探究作者著書的動機，論證作者的政治背景決定了此書的內容而此書的內容又是它沒有產生影響的原因的關係。

明世宗由少年藩王入繼帝位，朝臣均以中興維新之政期之，紛以法祖講學之事為請，但在即位後四年內，卻與包括內閣輔臣在內的絕大部分朝臣發生「大禮議」爭執。此時任官翰林、以經筵講讀為職的湛若水，一直是首輔楊廷和的支持者，曾多次繼楊氏陳請之後上疏諫籲世宗正心修己，尊重舊臣，言辭或至「疑駭無當」。世宗最後以廷杖、充軍、削籍等科嚴懲積極與事的異議朝臣，湛若水也由翰林官調外為南京國子監祭酒。《格物通》即在祭酒任中纂就進呈，是湛若水對明世宗盡忠補過的表示，同時也寓有勸誘之意。

是書的最大特色，是藉對經史和明朝祖訓的闡釋，宣揚了湛氏個人「隨處體認天理」的心學學說，強調帝王之學須以治心為主，治平之術當以法祖為先。書中除了嚴斥歷代干政宦官之外，又有多有關政情的籲請以起世宗注意，但卻沒有提出解決實際問題的具體構思。這是作者識度有限和心存避忌的結果，卻造成此書用途上的局限，減少了它的學術及應用價值。