西元一二三一年，教宗格列哥里九世(Gregory IX, 1227-1241)下令設一機構，在羅馬教宗的倡導下，專門處理有關異端的問題，這就是西洋中古時代最為史家所詬病的「宗教裁判」(Inquisition)。十二、十三世紀時，異端最猖獗的地區，應推法國南部的蘭奎多克(Languedoc)。為防止異端的蔓延，或羅馬教宗，或地方主教，過去都公佈了許多應付的法規；但它們既散漫又缺乏系統，執行者往往不知如何適從。到了一二三一年至一二三四年之間，教宗格列里哥九世公佈了一系列法規，將過去有關異端的法規做一個有系統的整理，更重要的，他建立了一個宗教裁判制度。 宗教裁判被歷代史家所詬病。以現代人的眼光來看，它的確是一種壞制度；但在中古時代的人看來，異端是直接叛逆天主的罪，而且還是易於傳染，毀滅人靈魂的毒瘤。在基督教思想大一統的中古社會裏，思想上的分裂勢必導致行為上的乖離，從而破壞社會的安寧。異端不只是一個宗教問題，而且也是一個社會問題，甚至是政治問題。所以處理異端不只是教會的責任，而且也是俗世政府和每一個教徒的責任。站在歷史的立場，宗教裁判所追求的目的固然無可責難，但我們不能不說它是一個壞制度，或至少是一個濫用權力的制度。它所使用的方法如刑求、死刑等殘酷行為，完全違反基督教會自己所標榜的道德原則，使教會不免犯了雙重道德、偽善、反人道等罪名。